A temporada de 2024 acabou para João Almeida. Foi um ano com um calendário diferente dos que tinha adoptado nos anos transatos, pois o ciclista da UAE Team Emirates desejava correr a Volta a França e assim toda a sua preparação mudaria. Participaria em corridas diferentes, enfrentaria adversários que habitualmente não faziam o mesmo calendário, em suma, seria uma época desafiante para o atleta luso.
Assim ao contrário de 2023 onde começou a sua temporada com 3 corridas de um dia ( Trofeo Andratx, Trofeo Serra de Tramuntana e Trofeo Palma) antes de rumar à Volta ao Algarve onde terminaria em 6º lugar à Geral, 2024 começou na Paris-Nice com um 11º lugar. Seguiu-se um Top-10 na Volta à Catalunha (9º), para em abril abraçar a Amstel Gold Race ( 38º), La Flèche Wallogne e a Liège-Bastogne-Liège ( 29º).
Seguiram-se semanas de trabalho e estágios em altitude com a sua equipa para preparar, cumprindo um plano de treino especifico para a Volta a França, onde iria fazer a sua estreia e trabalhar para o grande objectivo da época da equipa e de Tadej Pogacar. Saiu do campo de altitude directo para a Volta à Suíça onde se apresentou em grande forma física, onde conjuntamente com o seu colega de equipa Adam Yates, dominaram a corrida helvética de principio ao fim, demonstrando uma força avassaladora e não dando hipóteses aos mais directos rivais.
Na Suíça, João Almeida venceu 2 etapas e demonstrou ser o homem mais forte em prova, no entanto o líder da corrida era um dos seus companheiros de equipa e o João não atacou as etapas e a corrida, preferindo esperar por Yates, mostrando espírito de equipa, levando todas as decisões para o contrarrelógio final. João Almeida acabaria por vencer o contrarrelógio, mas só retiraria 9 segundos à desvantagem que tinha sobre Yates, terminando a corrida em 2º lugar da Classificação Geral a 22 segundos do britânico.
Seguiu-se a Volta a França. Com Tadej Pogacar como líder, João Almeida demonstrou ser um fiel domestique para o esloveno, dando tudo o que tinha durante as três semanas da corrida em prol do seu líder. No entanto na 4ª etapa da corrida entre Pinerolo e Valloire estala o verniz entre Almeida, Yates e Ayuso. Na subida para o Col du Galibier, João Almeida comanda a frente da corrida com um ritmo intenso e o espanhol, que deveria estar a ajudar no trabalho, mantinha-se na retaguarda do grupo.
Almeida gesticulou para Ayuso, mostrando a sua insatisfação, tendo Pogacar chegado mesmo a olhar para trás para ver onde andava o seu colega de equipa. Yates teve de entrar ao trabalho para manter o plano da equipa em andamento e Pogacar atacaria para vencer a etapa. No final, Ayuso que vinha na retaguarda do grupo e nada trabalhou para a equipa, acaba por ser 3º na etapa. No rescaldo da etapa, Yates não se conteve e teceu palavras duras para com o compromisso do ciclista espanhol afirmando que "Tive de entrar mais cedo para trabalhar porque alguém não estava na sua posição", contrariando a versão de Matxin tinha dado horas antes.
João Almeida não venceu nenhuma etapa na Volta a França, mas terminou 7 etapas no Top-10, o que lhe valeu um 4º lugar na classificação geral final em Nice. Uma estreia na Grand Boucle que deixou muito boas impressões, além do resultado final que obteve. Seguiu-se um período de descanso e de estágio em altitude para liderar a equipa do Emirados Árabes Unidos na Volta a Espanha.
As expectativas estavam no pico, Almeida era um forte candidato à vitória em Madrid e tinha um impulso extra, uma vez que a Gran Salida da corrida era na cidade de Lisboa. Almeida começou a Vuelta com um contrarrelógio consistente e apesar do 10º lugar obtido no seu esforço individual, dos homens considerados candidatos à vitória na classificação geral só tinha um homem à sua frente, Primoz Roglic a 3 segundos.
No primeiro grande teste da Volta a Espanha aparece à 4ª etapa, com a ascensão ao Pico Villuercas. João Almeida chega com o grupo principal e fecha o dia com um 3º lugar. No 6º dia de corrida a UAE Team Emirates, tal como todos os rivais, foram surpreendidos por um ataque de Ben O'Connor, que ganharia a etapa e ficava na liderança da corrida com uma margem bastante confortável para os seus adversários directos. Havia muito trabalho a fazer pela frente, mas Madrid ainda estava muito longe.
Mas a Volta a Espanha terminaria 3 dias depois para o Duro das Caldas. Na etapa que terminava no alto de Cazorla, João é visto muitas vezes na parte de trás do pelotão. Algo não estava bem e na subida final é dos primeiros homens a descolar do pelotão. Chegaria à meta 4:53m depois do vencedor da etapa Primoz Roglic. Aquela noticia que ninguém queria ler ou ouvir, caía que nem uma bomba: João Almeida não começa a 9ª etapa por estar doente com Covid-19. Acabava-se o sonho de lutar pela vitória numa Grande Volta.
Após a sua recuperação da doença, João Almeida regressa aos treinos para preparar o seu final de temporada e é chamado pelo selecionador nacional para representar Portugal no Campeonato do Mundo de Zurique. Entre a nata dos contrarrelogistas o caldense aproveita para fazer um esforço individual razoável, para quem já não competia há mais de um mês. As esperanças estavam todas depositadas num bom resultado na corrida de estrada, mas infelizmente uma queda retirou-lhe mais uma boa hipótese de correr para um bom resultado.
Assim foi a 3ª temporada de João Almeida com as cores da UAE Team Emirates. Um época diferente das outras em termos de calendário, onde não defendeu o seu 3º lugar na Volta a Itália de 2023 e os 2ºs lugares alcançados na Tirreno - Adriático e na Volta à Polónia. Uma temporada em que fez 8722 km em 57 dias de competição. Somou ao longo de 2024, 2.144,57 pontos UCI, conquistou 3 etapas, fez 2º lugar à Classificação Geral na Volta à Suíça, onde ficou em 2º na Classificação por Pontos e 3º na Classificação da Montanha, ao que somou um notável 4º lugar na sua estreia na Volta a França.